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A arquitetura genômica e transcriptômica de 2000 tumores de mama revela novos subgrupos

Autor:

Guilherme Novita Garcia

Especialista em Ginecologia pelo Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC-FMUSP).
Especialista em mastologia pela Faculdade de Medicina da USP

Última revisão: 11/06/2012

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Especialidade: Mastologia

 

Resumo

A elucidação dos subgrupos de câncer de mama e seus condutores moleculares exige visões integradas do genoma e sua transcrição a partir de número representativo de pacientes. Os autores apresentam uma análise integrada de número de cópias do gene e expressão em duas coortes: grupo de identificação (997 casos) e grupo de validação (995 casos), com longo seguimento clínico (superior a 15 anos).

Variantes hereditárias (variantes no número de cópias e polimorfismos de nucleotídeo único) e adquiridas somáticas (cópia aberrações numéricasCNA) foram associados com a expressão de 40% dos genes tumorais, com predominância de cis e trans CNAs. Ao delinear os principais genes, foram identificadas mutações importantes, incluindo deleções PPP2R2A, MTAPand MAP2K4.

A análise não supervisionada dos pares DNA-RNA perfis revelou novos subgrupos com diferentes desfechos clínicos, que se reproduziram na coorte de validação. Estes incluem um subgrupo de risco elevado, com receptor de estrogênio positivo cis-acting 11q13/14 e um subgrupo prognóstico favorável desprovido de CNAs. Hotspots aberrantes trans-acting foram encontrados em subgrupos específicos de genes, incluindo supressão mediada por resposta imune adaptativa e um subgrupo basal associado a deleção do cromossomo 5.

Os resultados fornecem uma estratificação molecular do câncer de mama nesta população, com base no impacto somático dos CNAs no transcriptoma.

 

Contexto clínico

Apesar de ser encarado muitas vezes como uma doença única, o câncer de mama tem inúmeras variações que modificam o desfecho clínico. Ainda existem limitações metodológicas que impedem a identificação de pacientes de melhor ou pior prognóstico e, consequentemente, o tratamento muitas vezes pode ser inadequado (exagerado ou ineficaz).

A análise da genética tumoral e suas expressões fenotípicas têm sido amplamente utilizadas na última década para tentar identificar o comportamento de cada tumor.

Perou et al., 2000, em análise menos detalhada, demonstraram 3 subtipos diferentes de tumor de mama (basal, Her-2 e luminal) e, desde então, os estudos clínicos têm tentado individualizar o tratamento mais adequado a cada subgrupo.

O conhecimento de mais subgrupos e de seu comportamento favorecerá ainda mais a individualização do tratamento no futuro.

 

O estudo

Os autores avaliaram os dados de genoma de 2.000 pacientes operados há mais de 15 anos e armazenados em bancos de tumor. Desta forma, foi possível comparar as diferenças genéticas com os desfechos clínicos.

Os diferentes perfis genômicos puderam ser divididos em 10 subgrupos, com prognósticos semelhantes.

Os pesquisadores inicialmente analisaram os perfis de 1.000 pacientes para obter estes 10 subgrupos e depois aplicaram a regra na coorte de validação com mais 1.000 pacientes. Tanto os subgrupos genômicos quanto a evolução clínica puderam ser reproduzidos.

Dentre os novos subgrupos, por exemplo, 1 foi identificado com presença de receptor positivo e mau prognóstico, demonstrando que a divisão inicial entre tumores luminal, Her-2 e basal é generalista e que os tumores ainda apresentam comportamentos heterogêneos, mesmo dentro de um mesmo grupo.

 

Aplicações para a prática clínica

O maior conhecimento das causas que levam às variações no comportamento do câncer de mama permite estimar melhor o prognóstico e criar terapias mais específicas.

 

Bibliografia

1.   Curtis C, Shah SP, Chin SF, Turashvili G, Rueda OM, Dunning MJ et al. The Genomic and Transcriptomic Architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups. Nature, April 18th, 2012 doi: 10.1038/nature10983– epub ahead of print. [link para o resumo] (Fator de impacto da revista:36,101).

2.   Perou C et al. Molecular portraits of human breast tumours. Nature, 2000; 406: 747-52.

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